第1回「仮装会殺人事件」【2021／11／6（土）放送】
文明開化の世。大政商の加納家で開かれた政府要人が集まる仮装会の最中に、主人の五兵衛（モロ師岡）が妻・アツ子（花總まり）らの前で殺される。外国の大使も巻き込む事件のため、一つ間違うと国際問題になりかねない。そこで、洋行帰りの特命探偵・新十郎（福士蒼汰）と自称相棒の虎之介（矢本悠馬）が捜査を開始。やがて加納家の一人娘・梨江（内田理央）が疑われ…。

第2回「死神人力車」【2021／11／20（土）放送】
豪商・神田邸に謎の人力車が大きな行李を届け去る。中に入っていたのはなんと神田の妻・ヒサ（青木さやか）の絞殺死体。特命探偵・結城新十郎（福士蒼汰）とその相棒・泉山虎之介（矢本悠馬）は殺されたヒサの行動、そして周囲の人間関係を調べてゆくが、浅草の女奇術師・夢の助（真飛聖）が率いる飛龍座という芝居小屋が浮上する。偶然にも勝海舟（高橋克典）の妻・お民（稲森いずみ）も、ヒサが殺された当日、飛龍座にて奇術を観劇していた…。

第3回「万引き一家」【2021／11／27（土）放送】
老舗問屋・浅井家の女主人・スギ（若村麻由美）が万引きをしていると噂が立っていた。そんな中、浅井家の下男の死体が発見される。花田の息子・心平は浅井家の令嬢・キク（堀田真由）と婚約中で、ひょんなことから結城新十郎（福士蒼汰）に調査の依頼が舞い込んでくる。キクの友人である加納梨江（内田理央）も協力する中、半年前に起こった浅井家の元主人・権六の惨殺事件の容疑がかかる庭師の梶谷に疑いがかかる…。

第4回「リンカーンの影」【2021／12／4（土）放送】
特命探偵・結城新十郎（福士蒼汰）たちが入り浸る洋風酒場の主人で錦絵新聞の書き手である花迺屋因果（中村靖日）が行方不明となり捜査を依頼される。新十郎は、海外視察から帰国した大久保利通（篠井英介）に呼ばれ、捜査を断ってしまう。代わりに泉山虎之介（矢本悠馬）が加納梨江（内田理央）と共に調べに乗り出すが、そこに世良田摩喜太郎（浅利陽介）を主宰とする林肯会という謎の政治結社が浮かび上がり、虎之介と梨江は因果を探しに林肯会を訪ねる…。

第5回「ロッテナム美人術」【2021／12／11（土）放送】
インド・アラビアに古来より伝わる美顔術を施すロッテナム美人館が上流階級の夫人たちに人気である。その美人館を訪れた加納梨江（内田理央）は元大名・大伴宗久（山中崇）と結婚した夫人・シノブ（伊藤歩）と知り合い相談を受ける。勝家を訪れたシノブ（伊藤歩）は結城新十郎（福士蒼汰）に、夫の宗久の異変を訴える。普段は物静かで学問を好む宗久だが、時々発作を起こし使用人のみならず妻シノブにも刀を振り回すとのこと。宗久は「三人は一人なのだ」と謎の言葉を発するのだが…。

第6回「稲妻は見たり」【2021／12／18（土）放送】
全国で明治新政府に対する一揆が多発していた。そんなとある激しい雷の晩に、政府の要人である母里家に子息・由也（鈴鹿央士）が帰宅。すると庭の井戸の方で何かが落ちる大きな水音がし、女中の三枝（藤木由貴）が行方不明となる。三枝の幼なじみである勝家の女中・お兼（中島唱子）の頼みを聞いて、結城新十郎（福士蒼汰）が調査を開始する。勝手口には母里家の家宝の皿が割れており、警部の鮫島と福原は三枝の投身自殺かと井戸をさらう…。

第7回「終局の一手」【2021／12／25（土）放送】
西郷隆盛（鶴見辰吾）が政権を去り、世間は士族たちの反乱の機運が高まり揺れていた。そんな中、大警視の速水星玄（勝村政信）は山林業で成功した薩摩の商人・千頭津右衛門（大和田伸也）の家で囲碁を打っていた。千頭は囲碁の名人で、速水をやり込めつつ、士族たちが食うや食わずの暮らしをしていることを憂えて薩摩に帰る事を告げる。しかしその直後、千頭は苦しみ出し変死してしまう。結城新十郎（福士蒼汰）たちが、現場に駆けつけるが、速水にも容疑がかかってしまう…。

最終回「維新の遺言」【2022／1／1（土）放送】
結城新十郎（福士蒼汰）と梨江（内田理央）と虎之介（矢本悠馬）は、行方不明となった速水星玄（勝村政信）を探し出すため薩摩に向かう。苛立つ士族たちの思いを受け止めつつ苦しむ西郷隆盛（鶴見辰吾）と会う新十郎たち。一方の東京では、勝海舟（高橋克典）が、西郷を救うため大久保利通（篠井英介）に会いに行く。明治政府にいら立ち、維新の火薬庫と化した鹿児島での西郷暗殺の企てが進む中、西郷を守るため、新十郎たちが立ち上がる…。