第1回【2021／10／10（日）放送】
2023年、東京。首相・東山（仲村トオル）は、世界環境会議で地球物理学の権威・世良（國村隼）の下、地球環境に関する事業「COMS（コムス）」の推進を表明。さらに未来を見据え各省庁の優秀な若手官僚を集めた「日本未来推進会議」も発足し、環境省の天海（小栗旬）、経産省の常盤（松山ケンイチ）らが選ばれる。天海は、自身の提案を通すために強引な手段もいとわず、東山のみならず東山の抵抗勢力である副総理の里城（石橋蓮司）らにも接近。そんな折、インターネットに関東沈没へ警鐘を鳴らす学者・田所（香川照之）の記事が載る。

第2回【2021／10／17（日）放送】
田所（香川照之）の予言通り、伊豆沖の岩島が沈没した。だが、世良（國村隼）や、天海（小栗旬）以外の日本未来推進会議の面々は田所の関東沈没説を否定。常盤（松山ケンイチ）も沈没説の検証を主張する天海の立場を心配するばかりだ。そんな中、天海は週刊誌記者・椎名（杏）から、環境ビジネス詐欺で稼ぐ企業と環境省の癒着の黒幕が天海であるという他社週刊誌の発売を知らされる。

第3回【2021／10／24（日）放送】
田所（香川照之）は総理官邸で関東沈没説を説明。だが、里城（石橋蓮司）は詐欺師扱いし、東山（仲村トオル）や内閣官房長官の長沼（杉本哲太）も早急な危機対策には及び腰だ。田所は里城を説得するため、高名な米国の地球物理学者に自説を支持してもらおうと考え、説得役を天海（小栗旬）に押し付ける。一方、研究室に向かう天海らを見送った常盤（松山ケンイチ）に、椎名（杏）が接触する。

第4回【2021／11／7（日）放送】
「半年以内に関東圏沈没。政府が危機対策を検討」との記事が政府発表より先に新聞に掲載された。さらに東山（仲村トオル）が国民に向けた会見を検討しているとの報道まで出て、各所に動揺が広がる。この機に乗じ、日本未来推進会議の場で危機対策を訴える天海（小栗旬）に、常盤（松山ケンイチ）は疑いの目を向ける。一方、新聞に情報をリークした椎名（杏）は官邸の呼び出しを受け…。

第5回【2021／11／14（日）放送】
首都圏を含めた関東地区の沿岸部が水没した。東山（仲村トオル）は常盤（松山ケンイチ）に、日本未来推進会議が中心となって第2波に備えた住民避難を取り仕切るよう指示する。そんな中、データの検証を終えた田所（香川照之）は、ある信じがたい結論にたどり着き、総理官邸に報告。一方、高速道路上で避難バスなど多くの車両を巻き込むトンネル崩落事故が発生したことが判明する。

第6回【2021／11／21（日）放送】
天海（小栗旬）が日本未来推進会議に復帰する。一方、災害後の危機対策が評価され、内閣支持率は上昇した。東山（仲村トオル）は首都圏の公有地全てを自然エネルギーだけで機能する環境生活都市建設に充てる計画と地方再生への取り組みを発表。高い支持率を背景に、経済重視派の里城（石橋蓮司）の提案を拒否する。だが、天海らが計画を進める中、突然ストップが掛かる。

第7回【2021／11／28（日）放送】
田所（香川照之）が詐欺企業に機密情報を漏えいした容疑で逮捕される。田所は面会に訪れた天海（小栗旬）に、日本沈没自体を‘なきもの’にしたい人物に陥れられたと訴え、観測データに日々向き合わないと正確な予測はできないと警告。メディアが田所の黒い噂を報じる中、代役を務められる人物を捜す天海は田所自身にも相談し、データ検証を世良（國村隼）に持ち掛ける。

第8回【2021／12／5（日）放送】
中国の日米批判により、機密だった‘日本沈没’の情報が全世界に報道された。さらに、再び交渉の席に着いた中国政府団は、約束していた日本人移民の受け入れ条件として、常盤（松山ケンイチ）の父・統一郎（小野武彦）が経営する企業の一つを含めた日本の大手5社を譲るよう要求する。東山（仲村トオル）から5社の説得を指示された天海（小栗旬）と常盤は、統一郎との交渉に赴く。

最終回【2021／12／12（日）放送】
東山（仲村トオル）と世良（國村隼）が環境活動家による爆破テロに巻き込まれた。総理代行となった里城（石橋蓮司）は自動車会社会長の生島（風間杜夫）に「移民担当特命大臣」への就任を要請。それを受けた生島は常盤（松山ケンイチ）と共に会見へ赴き、日本人の国外移民政策の概要を発表する。天海（小栗旬）が人々を前向きにする方法を考える中、東山が目を覚ましたと連絡が入り…。