第1回【2021／10／10（日）放送】
Season1から1年――。完全記憶能力を持つ准教授・高槻彰良（伊野尾慧）、人の嘘が分かる大学生・深町尚哉（神宮寺勇太）のもとに、寺内一（小池徹平）がやって来る。バス転落事故で生き残った「奥多摩の奇跡の少女」に母が騙されていないか調べてほしいというのだ。一の言動に違和感を抱きつつも、生方瑠衣子（岡田結実）とともに調査を始めた高槻たち。事故現場に向かうと、目撃者の鎌田亮平（長谷川純）に出会い――。

第2回【2021／10／17（日）放送】
寺内（小池徹平）の依頼によって‘奥多摩の奇跡の少女’と呼ばれる愛菜（粟野咲莉）と母親・真紀子（矢田亜希子）に会った高槻（伊野尾慧）は、自分が母親・清花（高橋ひとみ）と過ごした少年時代を思い返す。さらに、愛菜の様子で気になることがあった高槻は、尚哉（神宮寺勇太）らと再びその自宅を訪問。そこで、高槻が推察を語り始めたところ、真紀子の声がゆがんで…。

第3回【2021／10／24（日）放送】
学生の葉山（萩原利久）が、高槻（伊野尾慧）が講義で扱った「百物語」を実際にやってみたいという。そこで、高槻は尚哉（神宮寺勇太）、瑠衣子（岡田結実）と会場の廃屋に向かうが、遅れて寺内（小池徹平）がやって来る。一方、寺内の言動が気になる佐々倉（吉沢悠）は過去の失踪事件を調べ始める。

第4回【2021／10／31（日）放送】
「百物語」に参加した食堂の栄養士・小春（田辺桃子）が‘神隠し’のように失踪。夫・幹夫（菅原健）に頼まれた高槻（伊野尾慧）は、尚哉（神宮寺勇太）、瑠衣子（岡田結実）と調べるが手掛かりはつかめない。そんな中、父親の秘書・黒木（夙川アトム）からの伝言で、高槻は数十年ぶりに実家に顔を出す。

第5回【2021／11／7（日）放送】
弱みに付け込み尚哉（神宮寺勇太）を追い込んだ寺内（小池徹平）の狙いを知ろうと、高槻（伊野尾慧）は寺内の元へ。小春（田辺桃子）の失踪も含めた‘神隠し’事件には、寺内が絡んでいると推察する。そんな中、尚哉と同様に人のうそが分かる千葉県警の遠山（今井朋彦）が、研究室にやって来る。

第6回【2021／11／14（日）放送】
佐々倉（吉沢悠）が作成した地図により、失踪原因の手掛かりを見つけた高槻（伊野尾慧）は、尚哉（神宮寺勇太）、瑠衣子（岡田結実）と共に再び小春（田辺桃子）の母親・聡子（宮地雅子）と父親・邦明（朝倉伸二）を訪ねる。一方、行方不明者の千里（永尾柚乃）の目撃者として、捜査協力をしていた寺内（小池徹平）。偶然やって来た遠山（今井朋彦）には、その証言の所々がゆがんで聞こえる。

第7回【2021／11／21（日）放送】
瑠衣子（岡田結実）の情報を基に寺内（小池徹平）を調べた佐々倉（吉沢悠）は、寺内が少年時代に仲の良かった人物にたどり着く。手掛かりを得た高槻（伊野尾慧）は寺内の元へ。だが彼は姿を消していた。一方、千里（永尾柚乃）の父・康介（武田航平）と母・麗子（佐藤めぐみ）には秘密が…。

最終回【2021／11／28（日）放送】
高槻（伊野尾慧）は己の過去と向き合うため、尚哉（神宮寺勇太）、佐々倉（吉沢悠）と共に少年時代に禁忌を犯した大沼池近くの旅館を訪れる。そして、寺内（小池徹平）がたくらむ一連の‘神隠し’事件を推察する高槻の元に、寺内から手紙が届く。翌日、池に向かった高槻だったが、そこには寺内以外の姿もあった。ついに、神隠しの謎、高槻と寺内の知られざる過去が明らかになる。