第1回【2021/10/10(日)放送】
Season1から1年――。完全記憶能力を持つ准教授・高槻彰良(伊野尾慧)、人の嘘が分かる大学生・深町尚哉(神宮寺勇太)のもとに、寺内一(小池徹平)がやって来る。バス転落事故で生き残った「奥多摩の奇跡の少女」に母が騙されていないか調べてほしいというのだ。一の言動に違和感を抱きつつも、生方瑠衣子(岡田結実)とともに調査を始めた高槻たち。事故現場に向かうと、目撃者の鎌田亮平(長谷川純)に出会い――。
第2回【2021/10/17(日)放送】
寺内(小池徹平)の依頼によって‘奥多摩の奇跡の少女’と呼ばれる愛菜(粟野咲莉)と母親・真紀子(矢田亜希子)に会った高槻(伊野尾慧)は、自分が母親・清花(高橋ひとみ)と過ごした少年時代を思い返す。さらに、愛菜の様子で気になることがあった高槻は、尚哉(神宮寺勇太)らと再びその自宅を訪問。そこで、高槻が推察を語り始めたところ、真紀子の声がゆがんで…。
第3回【2021/10/24(日)放送】
学生の葉山(萩原利久)が、高槻(伊野尾慧)が講義で扱った「百物語」を実際にやってみたいという。そこで、高槻は尚哉(神宮寺勇太)、瑠衣子(岡田結実)と会場の廃屋に向かうが、遅れて寺内(小池徹平)がやって来る。一方、寺内の言動が気になる佐々倉(吉沢悠)は過去の失踪事件を調べ始める。
第4回【2021/10/31(日)放送】
「百物語」に参加した食堂の栄養士・小春(田辺桃子)が‘神隠し’のように失踪。夫・幹夫(菅原健)に頼まれた高槻(伊野尾慧)は、尚哉(神宮寺勇太)、瑠衣子(岡田結実)と調べるが手掛かりはつかめない。そんな中、父親の秘書・黒木(夙川アトム)からの伝言で、高槻は数十年ぶりに実家に顔を出す。
第5回【2021/11/7(日)放送】
弱みに付け込み尚哉(神宮寺勇太)を追い込んだ寺内(小池徹平)の狙いを知ろうと、高槻(伊野尾慧)は寺内の元へ。小春(田辺桃子)の失踪も含めた‘神隠し’事件には、寺内が絡んでいると推察する。そんな中、尚哉と同様に人のうそが分かる千葉県警の遠山(今井朋彦)が、研究室にやって来る。
第6回【2021/11/14(日)放送】
佐々倉(吉沢悠)が作成した地図により、失踪原因の手掛かりを見つけた高槻(伊野尾慧)は、尚哉(神宮寺勇太)、瑠衣子(岡田結実)と共に再び小春(田辺桃子)の母親・聡子(宮地雅子)と父親・邦明(朝倉伸二)を訪ねる。一方、行方不明者の千里(永尾柚乃)の目撃者として、捜査協力をしていた寺内(小池徹平)。偶然やって来た遠山(今井朋彦)には、その証言の所々がゆがんで聞こえる。
第7回【2021/11/21(日)放送】
瑠衣子(岡田結実)の情報を基に寺内(小池徹平)を調べた佐々倉(吉沢悠)は、寺内が少年時代に仲の良かった人物にたどり着く。手掛かりを得た高槻(伊野尾慧)は寺内の元へ。だが彼は姿を消していた。一方、千里(永尾柚乃)の父・康介(武田航平)と母・麗子(佐藤めぐみ)には秘密が…。
最終回【2021/11/28(日)放送】
高槻(伊野尾慧)は己の過去と向き合うため、尚哉(神宮寺勇太)、佐々倉(吉沢悠)と共に少年時代に禁忌を犯した大沼池近くの旅館を訪れる。そして、寺内(小池徹平)がたくらむ一連の‘神隠し’事件を推察する高槻の元に、寺内から手紙が届く。翌日、池に向かった高槻だったが、そこには寺内以外の姿もあった。ついに、神隠しの謎、高槻と寺内の知られざる過去が明らかになる。