第1回「前代未聞の闇医者チーム登場」【2023／1／8（日）放送】
「エース」こと波佐間（妻夫木聡）は、パティスリーのパティシエとして働くが、裏の顔は法外な報酬と引き換えに違法な手術をする闇医師チームの執刀医だった。ある日、副総理の羽場（伊武雅刀）が脳神経を断裂して大学病院に運ばれた。一命は取り留めたものの院長の剣持（鹿賀丈史）から「もう自身の足で歩くことはできない」と告げられ憤慨する羽場の前に、エースの手術の条件を提示する交渉人・ジョーカー（藤原竜也）が現れる。交渉が成立するかと思った矢先、そこにエースが現れ、羽場に「おまえに生き延びる価値はあるのか」と問いかける。その様子を、闇医師チームのメンバーであるオペナースのクイーン（松下奈緒）と、ハッカーのスペード（日向亘）がモニターで見守っていた。

第2回「金の亡者…息子は父の命を救うのか？」【2023／1／15（日）放送】
ジョーカーこと国際弁護士の下山田（藤原竜也）は、息子を私立大学の附属小学校に裏口入学させるため、寄付金2億円を出すよう元妻に迫られ、渋々ながら承諾。エース（妻夫木聡）らをあきれさせる。拝金主義の権化と噂される同校理事長の坊城と対面した下山田だが、その席に坊城の息子で副理事長の康之が現れ、裏口入学を拒否。その直後、坊城が末期がんと判明し…。

第3回「連続殺人犯を救う…隠された涙の理由」【2023／1／22（日）放送】
20代後半の男性が刺され、剣持（鹿賀丈史）の病院に運び込まれる。致命傷を受けた男性は何者かに完璧な処置を施され、一命を取り留めていた。助けたのはエース（妻夫木聡）ら闇医者チーム。そして、犯人の安達（杉本哲太）はエースの手術を受ける予定だったが、今回の被害者含む男性3人に復讐するため、手術直前に姿を消していた。エースらは犯行を止めようと安達の行方を捜す。

第4回「命か才能か？　生きる価値の真意…」【2023／1／29（日）放送】
スペード（日向亘）がクイーン（松下奈緒）の前職を尋ねてはぐらかされる中、エース（妻夫木聡）はジョーカー（藤原竜也）から患者候補として脳腫瘍を患う天才彫刻家・洋子（美村里江）のカルテを渡される。一方、警視庁特務捜査課の佐倉（矢島健一）らは闇医者チームの情報を求め、剣持（鹿賀丈史）を訪ねて話を聞いていた。その頃、エースは手術を望む洋子の病気に関して、ある懸念を抱く。

第5回「生きる決意…闇医者チームの始まり」【2023／2／5（日）放送】
闇医師チームの特殊機器を担当するクローバー（小林勝也）に仮面のメンテナンスを依頼したスペード（日向亘）は、エース（妻夫木聡）の身勝手な振る舞いを愚痴る。一方で、エースは若年性アルツハイマーを患う渚（小島藤子）とその夫・健二（高橋光臣）に遭遇し、彼らを次の患者候補に。強引な提案にクイーン（松下奈緒）が反発する中、エースの意見を全面的にのんだジョーカー（藤原竜也）は、夫婦の元へ手術の交渉に赴く。

第6回「水面の秘密…娘は父を救うのか!?」【2023／2／12（日）放送】
エースこと波佐間（妻夫木聡）は、ケーキを買いに来た常連の高校生・水面（當真あみ）の首元に青いあざがあることに気付く。そんな折、エースらはジョーカー（藤原竜也）から、次の患者候補として世界的に有名なパティシエの嶋崎（鶴見辰吾）に関する説明を受ける。嶋崎は水面を男手一つで育てた父親だった。エースは手術を了承する代わりに、クイーン（松下奈緒）にある調査を依頼する。

第7回「自殺未遂に隠された真相？　命を選ぶ理由」【2023／2／19（日）放送】
エース（妻夫木聡）の本名に関する情報を得た佐倉（矢島健一）ら特務捜査課は、行方を捜し始める。一方、次の患者候補を探すスペード（日向亘）は闇医者チームに助けを求める人々の中から高校時代の友人の夏美（池間夏海）を見つける。翌日、スペードは剣持（鹿賀丈史）の病院に入院するもう一人の友人・遙（畑芽育）の元へ。そこで夏美と再会し、遙がいじめに遭って自殺を図ったと聞かされる。

第8回「救えなかった命…明かされる壮絶な過去」【2023／2／26（日）放送】
エース（妻夫木聡）はジョーカー（藤原竜也）に自らの過去を語る。エースこと本名・天野真一は、かつてある大学病院に勤めていた。だが、技術に優れた天野は上司である真田（榎木孝明）の治療方針に納得がいかず、剣持（鹿賀丈史）の病院に移ることを決める。その後、天野は難しい手術を次々と成功させ、地位を確立していくが、剣持はそんな天野の活躍を次第に疎んじるようになり…。

第9回「因縁の対決…闇医者チーム崩壊!?」【2023／3／5（日）放送】
剣持（鹿賀丈史）の娘の玲於奈（結城モエ）が重いがんに侵されていることが判明。染谷（一ノ瀬颯）は剣持に闇医者チームへ手術を依頼するよう進言するが、拒絶される。その様子をモニターで見たエース（妻夫木聡）は、玲於奈を次の患者候補に選ぶ。警視庁では、次期警視総監候補と目される高城（沢村一樹）が、ジョーカー（藤原竜也）の正体からエースの行方をつかもうと動き出していた。

最終回「さらば闇医者チーム…衝撃の結末！」【2023／3／12（日）放送】
ジョーカー（藤原竜也）不在の中、エース（妻夫木聡）らはシングルマザーの香苗（徳永えり）から、病気で余命わずかと診断された幼い娘・結衣の手術を依頼される。クイーン（松下奈緒）が警察のわなを疑う中、エースは依頼を承諾。一方、エースの正体をつかんだ高城（沢村一樹）ら警察は、ジョーカーの監視とエースの捜索に乗り出す。エースとスペード（日向亘）は、香苗と結衣の元へ交渉に赴くが…。