幕末の京都。坂本龍馬（永山瑛太）は幕府方と倒幕派の戦を避けるべく、徳川家が政権を朝廷に返上する大政奉還を画策していた。
だが将軍慶喜の暗殺未遂事件が起き、龍馬は新選組の土方歳三（向井理）と組んで捜査するよう、若年寄の永井（杉本哲太）から密命を受ける。時間の猶予はわずか2日間。敵同士の2人は対立しながらも、薩摩の西郷隆盛（谷田歩）や長州の桂小五郎（駿河太郎）らを相手に命がけの捜査を始める。
沖田総司（白洲迅）や伊東甲子太郎（佐藤隆太）、そして公家の岩倉具視（中村梅雀）まで幕末のオールスターが大集結。はたして事件の真相は？　そして、黒幕は誰だ！