第1回「学園七不思議殺人事件」【2022／4／24（日）放送】
名探偵・金田一耕助を祖父に持つ高校生の一（道枝駿佑）は、ミステリー研究会所属の幼なじみの美雪（上白石萌歌）から、真相を知ると旧校舎の怪人‘放課後の魔術師’に殺されるという「学園七不思議」の話を聞く。ある夜、一は研究会の部長・桜樹（大友花恋）に呼ばれた美雪と学校へ。生物室で首をつる桜樹を目撃するが、魔術師らしき影と共にその姿が消えてしまう。
第2回「聖恋島殺人事件 前編」【2022／5／8（日）放送】
警視庁捜査一課の剣持（沢村一樹）からの誘いで、釣りツアーに参加した一（道枝駿佑）と美雪（上白石萌歌）とその後輩の佐木（岩崎大昇）。訪れた「聖恋島」の住人の昼子（余貴美子）から、島には海の怪物‘セイレーン’がいると聞く。その夜、大学病院の教授・影尾（佃典彦）や医療機器メーカーの営業担当・伊豆丸（小市慢太郎）らツアー客の目の前で、客の1人が水中銃で殺害される。
第3回「聖恋島殺人事件 後編」【2022／5／15（日）放送】
美雪（上白石萌歌）や佐木（岩崎大昇）と共に「聖恋島」での連続殺人事件に遭遇した一（道枝駿佑）。剣持（沢村一樹）によると、あかね（生田絵梨花）や伊豆丸（小市慢太郎）、鰐瀬（神尾佑）ら残ったツアー客の身元に不審な点はなく、一は次に狙われるのが被害者達の上司である医師の影尾（佃典彦）ではと推測する。影尾が恨まれる心当たりはないと断言する中、次の殺人が起こり…。
第4回「白蛇蔵殺人事件」【2022／5／22（日）放送】
家族ぐるみの旅行で鏡花（りょう）が女将を務める温泉旅館に来た一（道枝駿佑）と美雪（上白石萌歌）は、殺人犯を追う剣持（沢村一樹）と再会。怪しい人物を追って訪ねた「白蛇酒造」で、それが社長の音松（小野武彦）の次男・蓮月（東直輝）だと聞く。長男で杜氏の左紺（吉田悟郎）に勧められ、職人の黒鷹（寺島進）や見習の鷺森（岡山天音）らが働く酒造を見学した一らは、帰り際、蔵で蓮月の遺体を見つける。
第5回「トイレの花子さん殺人事件」【2022／5／29（日）放送】
佐木（岩崎大昇）の親戚の民宿を訪れた一（道枝駿佑）と美雪（上白石萌歌）は、合宿中の美大生の伊能（中川大輔）、真紀（田辺桃子）、獅子島（篠原悠伸）、鳴沢（小野寺晃良）が行う肝試しに参加することになる。一と美雪の仲を取り持とうとする佐木だが、‘トイレの花子さん’の噂がある廃病院に向かう一はおびえてビクビク。さらに最後に出発した伊能が帰らず、遺体で見つかる。
第6回「金田一少年の殺人」【2022／6／5（日）放送】
一（道枝駿佑）はノンフィクション作家・橘（勝矢）の新作原稿を探す暗号ゲームの解読に協力するため、パーティーへ。剣持（沢村一樹）の知人のライター・いつき（渡辺大）やテレビディレクターの都築（戸塚祥太）、出版社社長の大村（山西惇）、編集者の時任（今井隆文）らが解読に挑む中、一は橘の怒りを買った上、橘が殺されたことで容疑者として逃走する羽目になる。
第7回「金田一少年の殺人 解決編」【2022／6／12（日）放送】
有名作家の新作を巡る連続殺人の容疑者として逃走する一（道枝駿佑）は、‘見えざる敵’の真犯人を突き止めるため、暗号を解く伝言ゲームをたどってフリー編集者の野中（宮澤エマ）の元へ。その一方で、美雪（上白石萌歌）が心配していると聞き、連絡をするか迷う。やがて、一の居場所を刑事の高林（高橋努）や剣持（沢村一樹）らが特定。包囲された一に拳銃が向けられ…。
第8回「首狩り武者殺人事件」【2022／6／19（日）放送】
一（道枝駿佑）と美雪（上白石萌歌）は、剣持（沢村一樹）と共に山間の村へ。剣持の幼なじみの紫乃（仙道敦子）が後妻として嫁いだ旧家に、村の伝説の‘首狩り武者’から脅迫状が届いたという。紫乃の連れ子で次男の征丸（福山翔大）と先妻の子で長男の龍之介（吉村界人）は次期当主の座を巡りもめていた。その夜、一が呼び出されたからくり部屋で、客が首を狩られた状態で見つかる。
第9回「オペラ座館 ファントムの殺人」【2022／6／26（日）放送】
一（道枝駿佑）と美雪（上白石萌歌）、佐木（岩崎大昇）は「オペラ座の怪人」公演に招かれた剣持（沢村一樹）に同行し、山の上に立つ「オペラ座館」へ。だが、リハーサル中に出演者にシャンデリアが落下する事件が起こり、ヒロイン役の劇団員・レオナ（山本舞香）は激しく動揺する。居合わせたライターの白神（戸塚純貴）が語る‘怪人’の話が気になる一らは離れの塔を調べるが…。
最終回「オペラ座館 ファントムの殺人 解決編」【2022／7／3（日）放送】
復讐に燃える“ファントム”と化し、失踪したという元天才俳優の霧生（古川雄大）。霧生がかつて潜んでいたオペラ座館の地下迷宮で、一（道枝駿佑）と美雪（上白石萌歌）、佐木（岩﨑大昇）は行方不明になっていた剣持（沢村一樹）の姿を目にする。一方、劇団員・城（増田昇太）の部屋からレオナ（山本舞香）を襲ったファントムの仮面が見つかり、白神（戸塚純貴）の提案で城は1人で劇場にこもり、身の潔白を証明することに。だが、交代で鍵を見張る中で城が殺され、密室状態での殺害方法が分からない一は謎を解こうとするが…。