武家の次男である平野小五郎（工藤阿須加）は、日頃から剣の鍛錬に勤しむ“へそ者”だ。
“へそ者”とは家督も継ぐことのない“役立たずもの”を称した呼び名である。“へそ者”としての自覚はありながらも、誇り高き武士としての生き様に憧れを抱く小五郎。そんな道場には、小五郎と似た境遇の仲間たちが集まり切磋琢磨していた。

ある日、藩でお納戸役を務める山崎源右衛門（甲本雅裕）は、跡継ぎがいないことを成聞和尚（火野正平）に相談する。小五郎を幼少期から知る成聞は、源右衛門に小五郎を婿養子として迎えることを勧める。源右衛門の一人娘は、藩内の武家の娘の中でも1、2を争う美人・恵津（志田未来）だ。

かくして、夫婦となった小五郎と恵津。小五郎は、山崎家の家督を継ぎ、源右衛門の役目を引き継ぎ城へ上がることとなった。お納戸方の仕事に精進しながら、日々の幸せを噛みしめていたある日、小五郎は藩の重役・関口喜兵衛（本田博太郎）から恵津を辱める罵声を浴びせられてしまう。その場ではなんとか取り繕うも、家を貶められた小五郎は、武士として山崎家の面目を守るため喜兵衛と、悪政を行う家老・原正盛（波岡一喜）を討つことを胸に誓う。義父の源右衛門に覚悟を伝え、山崎家を出立する小五郎…。何も知らされない恵津のお腹には新しい命が宿っていたのだった。
その冬、登城中の喜兵衛を小五郎が強襲。喜兵衛は討ち果たすも、次なる狙いの正盛には手をこまねいていた。そんな中、正盛は甥である喜兵衛の嫡男・市太郎（渡辺大）を呼びつける。武士として親の敵討ちをすべきだと主張する正盛に、市太郎は複雑な思いをめぐらしながらも了承してしまう。
一方、恵津は喜兵衛が討たれたことですべてを理解し、追われる身となるであろう小五郎を心配し、市太郎に「夫を斬らないで」と懇願する…。

そのころ、小五郎は江戸にいた。参勤交代で、藩主に従って江戸に上ってくる正盛を狙うためだ。しかし、万全の警護の前に本懐を遂げることが出来ない小五郎は、途方に暮れてしまう。
立ち寄った旅籠『小松屋』で女将のお杵（財前直見）に諸事情を見抜かれてしまった小五郎は、お杵のすすめで『小松屋』で働きながら正盛を討つための情報収集をすることに。
再び、正盛が江戸に上るという情報を漏れ聞いた小五郎は、お杵の許しを得て上京する。しかし、正盛の動向を掴むことは出来ず、逆に小五郎の動向を注視していた市太郎にばったり遭遇してしまう…。